Важной проблемой вступления Красной армии в войну был вопрос прикрытия мобилизации, сосредоточения и развертывания войск. Планы прикрытия западных приграничных округов были разработаны в мае – июне 1941 г. на основании директив наркома обороны, направленных 5 мая командованию ЗапОВО и КОВО, 6 мая – ОдВО, а 14 мая – ЛВО и ПрибОВО. Запланированная группировка войск западных приграничных округов на прикрытие включала 15 армий, в состав которых выделялось 107 дивизий и 2 бригады, в резерве фронтов оставалось 51 дивизия, а в распоряжении Главного Командования – 8 дивизий. Сопоставление группировок войск по планам развертывания и прикрытия показывает, что для ЛВО и ПрибОВО они практически полностью совпадали. Для ЗапОВО они совпадали на 83 %, а для КОВО и ОдВО – на 61,8 % относительно документа от 13 июня 1941 г. То есть советскому командованию оставалось сосредоточить и развернуть на ТВД всего 24,8 % войск, предназначенных для войны с Германией. Все остальные соединения (75,2 %) уже находились в западных приграничных округах, и их оставалось лишь отмобилизовать, сосредоточить и развернуть в приграничной зоне по планам прикрытия. По мнению В.А. Анфилова, Б.Н. Петрова и В.А. Семидетко, такая группировка была более приспособлена к наступлению, чем к обороне, что не могло не сказаться в случае нападения противника, поскольку, как справедливо указывает М.А. Гареев, «невыгодное положение советских войск усугублялось тем, что войска пограничных военных округов имели задачи не на оборонительные операции, а лишь на прикрытие развертывания войск».
Ввод этих планов в действие вовсе не совпадал с нападением противника. Например, в плане прикрытия ПрибОВО отмечалось, что «цель разведки – с первого дня войны вскрыть намерения противника, его группировку и сроки готовности к переходу в наступление». Таким образом, ввод в действие планов прикрытия зависел не от действий противника, а от решения советского командования. По справедливому мнению М.А. Гареева, «накануне войны в какой-то момент было упущено из виду то важнейшее обстоятельство, что в случае начала военных действий и в политическом и в военном отношении нельзя исходить только из собственных пожеланий и побуждений, не учитывая, что противник будет стремиться делать все так и тогда, когда это удобно и выгодно ему», а «идея непременного перенесения войны с самого ее начала на территорию противника… настолько увлекла некоторых руководящих военных работников, что возможность ведения военных действий на своей территории практически исключалась. Конечно, это отрицательно сказалось на подготовке не только обороны, но и в целом театров военных действий в глубине своей территории».
Этот вывод подтверждают и опубликованные документы по планам прикрытия, не предусматривавшие серьезного противодействия сосредоточению советских войск со стороны противника. Так как развертывание первых эшелонов войск прикрытия в своих районах занимало от 3 до 25 часов, а полностью группировка на прикрытие должна была развернуться на 5-й – 10-й день, совершенно очевидно, что сделать это без противодействия со стороны противника можно было только до начала военных действий. Как справедливо отметил В.П. Крикунов, «характерная черта планов прикрытия состояла в том, что они исходили из такого варианта начала войны и создавшейся обстановки, при котором удастся без помех со стороны вероятного противника выдвинуться к границе, занять назначенные полосы прикрытия, подготовиться к отражению нападения, провести отмобилизование… Особенностью всех армейских планов прикрытия было отсутствие в них оценки возможных действий противника, в первую очередь варианта внезапного перехода в наступление превосходящих вражеских сил… Сущность тактического маневра сводилась к тому, что надо быстро собраться и выйти к границе… Предполагалось, что в районах сосредоточения будет дано время для окончательной подготовки к бою».
Если бы войска прикрытия действительно готовились к отражению ударов противника, то это бы «означало, – по справедливому мнению М.А. Гареева, – что приграничные военные округа должны иметь тщательно разработанные планы отражения вторжения противника, то есть планы оборонительных операций, так как отражение наступления превосходящих сил противника невозможно осуществить мимоходом, просто как промежуточную задачу. Для этого требуется ведение целого ряда длительных ожесточенных оборонительных сражений и операций. Если бы такие планы были, то в соответствии с ними совсем по-другому, а именно с учетом оборонительных задач, располагались бы группировки сил и средств этих округов, по-иному строилось бы управление и осуществлялось эшелонирование материальных запасов и других мобилизационных ресурсов. Готовность к отражению агрессии требовала также, чтобы были не только разработаны планы операций, но и в полном объеме подготовлены эти операции, в том числе в материально-техническом отношении, чтобы они были освоены командирами и штабами. Совершенно очевидно, что в случае внезапного нападения противника не остается времени на доподготовку таких операций. Но этого не было сделано в приграничных военных округах».
Так как план стратегического развертывания и замысел первых стратегических операций были рассчитаны на полное отмобилизование Красной армии, то они были тесно увязаны с мобилизационным планом. С апреля 1940 г. началась разработка нового мобилизационного плана, который был 12 февраля 1941 г. утвержден правительством. Мобилизационное развертывание Красной армии по плану МП-41 (официальное название «Мобплан № 23») должно было привести к созданию армии военного времени. Всего намечалось развернуть 8 фронтовых и 29 армейских управлений, 62 управления стрелковых, 29 механизированных, 4 кавалерийских, 5 воздушно-десантных и 8 авиакорпусов, 177 стрелковых, 19 горно-стрелковых, 2 мотострелковые, 61 танковую, 31 моторизованную, 13 кавалерийских и 79 авиационных дивизий, 3 стрелковые, 10 артиллерийских противотанковых бригад и 72 артполка РГК, а также соответствующее количество тыловых частей. После мобилизации численность вооруженных сил СССР должна была составить 8,9 млн. человек, войска должны были иметь 106,7 тыс. орудий и минометов, до 37 тыс. танков, 22,2 тыс. боевых самолетов, 10,7 тыс. бронеавтомобилей, около 91 тыс. тракторов и 595 тыс. автомашин.