Как бы то ни было, к 18 сентября был подготовлен новый вариант плана, который учитывал возможность использования главных сил Красной армии в зависимости от обстановки на Северо-Западном или Юго-Западном направлениях. Именно эти варианты развертывания советских войск именуются в историографии соответственно «северным» и «южным». Подобная особенность планирования была своеобразной традицией советского Генштаба, поскольку в 1921–1939 гг. Западный театр военных действий (ТВД) разделялся почти точно посередине рекой Припять. С сентября 1939 г. эта река полностью протекала по территории СССР, но по привычке именно эта линия, экстраполированная далее на запад делила ТВД на два основных направления. 5 октября 1940 г. этот вариант плана был доложен Сталину и Молотову. В ходе обсуждения Генштабу было поручено доработать план с учетом развертывания еще более сильной главной группировки в составе Юго-Западного фронта. В результате было предусмотрено увеличить численность войск Юго-Западного фронта на 31,25 % по дивизиям, на 300 % по танковым бригадам и на 59 % по авиаполкам.
14 октября доработанный «южный» вариант плана был утвержден в качестве основного, но при этом было решено переработать и «северный» вариант. Разработку обоих вариантов на местах планировалось закончить к 1 мая 1941 г. Тем самым советские вооруженные силы получили действующий документ, на основе которого велось более детальное военное планирование. В Генеральный штаб вызывались командующие войсками, члены Военных советов и начальники штабов военных округов для разработки оперативных документов, которые сразу же утверждались наркомом обороны. Кроме этого документа советскому руководству докладывались планы боевых действий против Финляндии, Румынии и Турции, что, по мнению их разработчиков, придавало всему оперативному плану необходимую полноту и гибкость, давало возможность действовать в зависимости от конкретной военно-политической обстановки. К сожалению, большинство этих документов все еще не доступны для исследования.
Однако разработка военных планов на этом не завершилась. Военное руководство стремилось всесторонне оценить оба варианта действий Красной армии, заложенных в оперативный план. Для отработки «северного» и «южного» вариантов 2–6 и 8–11 января 1941 г. в Генштабе проводились две оперативно-стратегические игры. В первой игре разыгрывались наступательные действия Красной армии на Северо-Западном направлении (Восточная Пруссия), а во второй – на Юго-Западном (Южная Польша, Венгрия и Румыния). Оборонительные операции начального периода войны на играх вообще не проигрывались, для сохранения в тайне основного замысла плана в заданиях сторон просто отмечалось, что «синие» напали, но их отбросили к границе, а на Юго-Западном направлении даже к линии Вислы и Дунайца на территории Польши и с этих рубежей уже шла игра. На территории Восточной Пруссии наступление «красных» захлебнулось, а на Юго-Западе они добились значительных успехов, что и привело к отказу от «северного» варианта действий Красной армии. Тем самым главным направлением советского наступления была определена Южная Польша.
Переработку документов оперативного плана с учетом опыта январских игр возглавил новый начальник Генштаба генерал армии Г.К. Жуков. Согласно «Плану разработки оперативных планов» требовалось уточнить документы по «южному» варианту к 22 марта, а по «северному» варианту – к 8 марта 1941 г. К сожалению, не ясно была ли выполнена эта задача, ибо подготовленный к 11 марта 1941 г. новый вариант плана окончательно закрепил отказ от «северного» варианта и переориентировал основные усилия войск на Юго-Западное направление. Судьба этого варианта плана вызывает в литературе разногласия. Так, Б.Н. Петров отмечает, что 10 апреля 1941 г. была подготовлена директива на разработку плана оперативного развертывания войск приграничных округов, исходившая из идей, заложенных в плане от 11 марта. Ю.А. Горьков же указывает, что «по данному варианту плана были подготовлены уточняющие директивы в западные приграничные округа и наркому ВМФ, но адресатам их не отправили». Однако, как указывает А.М. Василевский, в данном случае вновь применялась вышеотмеченная практика вызова в Москву командующих войсками и начальников штабов округов, которые получили все необходимые указания. Поэтому вывод Ю.А. Горькова, что «уточненному в марте 1941 года плану не был дан ход», без анализа все еще секретных документов военного планирования округов представляется преждевременным.
Как бы то ни было, работа над уточнением оперативного плана продолжалась, и к 15 мая 1941 г. был разработан еще один вариант. Для обсуждения сложившейся обстановки и задач войск западных приграничных округов, вытекавших из этого плана, в 18.50–21.20 24 мая в Кремле состоялось совещание И.В. Сталина и В.М. Молотова с наркомом обороны маршалом С.К. Тимошенко, начальником Генштаба генералом армии Г.К. Жуковым, его первым заместителем генерал-лейтенантом Н.Ф. Ватутиным, начальником Главного управления ВВС генерал-лейтенантом П.Ф. Жигаревым, командующими войсками, членами военных советов и командующими ВВС Прибалтийского (ПрибОВО), Западного (ЗапОВО), Киевского (КОВО) особых, Ленинградского (ЛВО) и Одесского (ОдВО) военных округов. В июне уточнение этого документа продолжалось. 13 июня заместитель начальника Генштаба генерал-лейтенант Н.Ф. Ватутин подготовил справку о развертывании вооруженных сил СССР на Западном ТВД, уточнявшую состав войск и их распределение по фронтам. В это же время прорабатывалась идея о создании еще одного фронта – Южного, который был создан согласно постановлению Политбюро ЦК ВКП(б) от 21 июня 1941 г.